با برپا شدن آتش جنگ ۸ ساله، میراث ایران چون شوش و هفته تپه و چغازنبیل از گزند جنگ در امان نماندند و به دلیل موقعیت خاص خود یا محل برپایی سنگر و تأسیسات دفاعی و یا محل استقرار واحدهای دفاع ضدهوایی شدند. ایوان کرخه در خوزستان با خاک یکسان شد و موزۀ آبادان در همان روزهای اول ویران شد. در شهرهای آبادان، خرمشهر، اهواز، دزفول، کرمانشاه، ایلام، خرم آباد، قصرشیرین، ارومیه و همدان، برخی از بناهای تاریخی مورد هجوم موشکهای عراقی قرار گرفت. به نقل از شهریار عدل، مسجد جامع اصفهان مورد اصابت موشک قرارگرفت و بخشی از تاقها و ستونهای آن فروریخت. این جنگ آنچنان ناگهانی آغاز و با جنونی وصف ناشدنی پیش رفت که حتی معاهدۀ ۱۹۵۴ لاهه که در خصوص حفاظت از اموال فرهنگی به هنگام درگیریهای مسلحانه بین دو کشور امضا شده بود نیز، کمکی به حفظ میراث فرهنگی نکرد.
یک ماه پس از شروع جنگ، گروهی داوطلب (جعفرمهرکیان، احمد امیری، یزدان کوشانفر و صابر نیا) از مرکز باستانشناسی راهی خوزستان شده و با دلسوزی آنان بخشی مهمی از اشیای موزههای شوش، هفت تپه و خرم آباد تخلیه و به موزۀ ملی ایران در تهران منتقل شد. اشیای سنگین موزه با گونی های پر از خاک سنگربندی شد و برخی دیگر در خود موزۀ شوش درون خاک مخفی شد. مهرکیان در خاطرات خود می گوید که گرچه درهای موزۀ شوش براثر انفجارها شکسته بود اما کسی به اشیا دست نزده و همه چیز سرجای خودش بود. نگهبان موزۀ شوش فردی به نام «شایع» میگوید که تک و تنها همچنان مانده بود تا از قلعه مراقبت کند.
مقامات یونسکو در سال ۱۹۸۷ از مناطق تاریخی بمبارانشده بازدید کردند و به پیشنهاد ایران قطعنامهای در مجمع عمومی یونسکو با نام ”مشارکت یونسکو در اجرا و به جریان انداختن معاهدۀ ۱۹۵۴ لاهه“ تصویب شد که در آن دوباره از تمام کشورها خواسته شد تا به مفاد معاهدۀ لاهه به هنگام جنگ پایبند باشند. این قطعنامه توانست تا حدی از دیوانگی مقامات بعثی جلوگیری کند.
با پایان جنگ، بسیاری از آثار به موزههای هفته تپه و شوش بازگشتند و مرمت بسیاری از آثار به هنگام جنگ و پس از آن صورت گرفت. وجود مینهای خنثی نشده تا دههها بعد، بازدارندۀ انجام فعالیتهای باستانشناسی در مناطقی چون دشت مهران، سرپل ذهاب و قصرشیرین شد. نبود برنامههای حفاظتی تا سالها بعد از جنگ سبب شد تا بسیاری از بافتهای تاریخی صدمهدیده، تخریب یا به حال خود رها شوند. آثار جنگ همچنان در بافت تاریخی شهرهایی چون دزفول دیده میشود.
