در سالهای منتهی به جنگ جهانی دوم، موزۀ لوور در پاریس شروع به برداشتن گامهای مهمی برای حفاظت از مجموعۀ عظیم هنری خود در برابر تهدید فزایندۀ جنگ و غارت نازیها کرد. از همان سال ۱۹۳۴، کاخ شامبور به عنوان اولین انبار ذخیره تعیین شد و تا سال ۱۹۳۸، این آمادگیها شدت گرفت. معمار اصلی موزه، پناهگاههای ضد بمب را زیر لوور طراحی کرد و شیوههای بستهبندی سریع را توسعه داد. تحت رهبری ژاک ژوژار، معاون مدیر و بعدها مدیر موزههای ملی فرانسه، یک طرح دقیق و مخفی تخلیه، مدتها قبل از اعلام رسمی جنگ اجرا شد. ژوژار که پیشتر نظارت بر تخلیۀ موزۀ پرادو در جریان جنگ داخلی اسپانیا را بر عهده داشت، به سیاست مماشات اعتماد نداشت و معتقد بود تجاوز نازیها به فرانسه آغاز خواهد شد.
در تاریخ ۲۵ اوت ۱۹۳۹، تنها چند روز پیش از اعلام جنگ از سوی فرانسه، ژوژار موزۀ لوور را به بهانۀ «تعمیرات» تعطیل کرد. در این زمان بیش از ۲۰۰ کارمند بیوقفه کار کردند تا بیش از ۴۰۰۰ اثر هنری را بستهبندی کنند. حدود ۸۰۰ نقاشی از قابهایشان خارج و با دقت در جعبهها قرار داده شدند. آثار عظیمی مانند ”عروسی در غنا“ اثر ورونزه به دور استوانهها پیچیده شدند، در حالی که آثار شکنندهای مانند ”قایق مدوزا“ اثر ژریکو بهصورت عمودی روی کامیونهای حمل تئاتر جابهجا شدند. یک سامانۀ برچسب رنگی برای سازماندهی تخلیه بر اساس اولویت استفاده شد: زرد برای بیشتر آثار، سبز برای آثار مهمتر و قرمز برای گرانبهاترینها. مونالیزا با سه دایره قرمز مشخص شد و در یک جعبه مخصوص ضدشوک قرار گرفت. متصدیان مجبور بودند انتخابهای دشواری دربارۀ آنچه باید تخلیه شود بر اساس ارزش هنری و مالی، اندازه، شکنندگی و میزان خطر انجام دهند. قصرهای دورافتاده به دلیل انزوا، دیوارهای سنگی و زیرزمینهای طاقدار انتخاب شدند. آثار به چندین قصر در مناطق اشغالنشده فرانسه از جمله شامبور و بعدها به نقاط دورتر فرستاده شدند. برخی از آثار که بیش از حد شکننده بودند، در زیرزمینهای مستحکم موزه که با کیسه شن محافظت شده بود باقی ماندند.
در تاریخ ۳ سپتامبر ۱۹۳۹، به هنگام جنگ فرانسه و آلمان نازی، بیش از ۷۵ درصد مجموعۀ موزۀ لوور، ۵۴۴۶ صندوق بود که صدها اثر از غرب آسیا را در بر داشت و پیش از آن تخلیه شده بود. ۶ ماه بعد، وقتی که سربازان آلمانی به پاریس رسیدند، ژوژار در پاریس ماند و مجبور شد تا افسران آلمانی چون فرانتس فون ولف مترنیخ را در موزهای نسبتا خالی بپذیرد. خوشبختانه، ولف مترنیخ که مورخ هنر بوده و زیاد با رژیم نازی همراه نبود، در خفا با ژوژار همکاری کرد تا از آثار پنهان محافظت کنند و درخواست نازیها را به تأخیر انداخت. با وجود تلاشهای آنان اما برخی از آثار لوور توقیف شدند. ریبنتروپ سیاستمدار آلمانی تابلوی ”دیانا پس از حمام“ اثر فرانسوا بوشه و گورینگ نیز مجسمۀ ”مریم مجدلیه“ اثر ارهاارت را برداشتند. ژوژار تلاش کرد تا این سرقتها را گزارش دهد اما به اجبار آبل بونارد، وزیر آموزش دولت ویشی، موفق نشد. با وجود این، ژوژار در تمام مدت جنگ هماهنگ با نیروهای متفقین پیش رفت و به طور پنهانی آنها را از این که مجموعۀ موزۀ لوور در کدام کاخ نگهداری میشود، آگاه کرد.
به منظور حفاظت از موزه در برابر بمباران، کارکنان موزه نام ”موزۀ لوور“ را با حروف بزرگ در فضاهای پیرامون موزه قرار داده و علامتهایی را به انگلیسی ایجاد کردند تا هشداری برای خلبانان نیروهای متفقین باشد که این مکان دربردارندۀ آثار هنری باارزش است. مکان نگهداری از مجموعه بارها تغییر کرد و آثار منتقل میشدند تا در دسترس و در معرض خطر نباشند؛ از این روی، اسناد را رمزگذاری کرده و آثار را در انبارهای شراب، انبار مزرعهها و حتی پشت دیوارهای پوششی (دیوارهایی که ساختگی بوده و در اصل در پشت آنها راه یا فضای مخفی وجود داشت)، نگه میداشتند. بسیاری از آنهایی که در این عمل نقش داشتند مانند ژوژار و گروه او، اعضای گروه پایداری فرانسه بودند و همکاری با مقامات آلمانی را نپذیرفتند.
پس از آزادسازی فرانسه، آثار هنری آرام آرام در طی ۴ سال به پاریس بازگردانده شدند. به لطف برنامهریزیهای محتاطانه و فهرستسازیها، تک تک آثارِ بازگردانده شده، سالم رسیدند. تلاشهای ژوژار همتی بر حفاظت از میراث فرانسه و نیز میراث فرهنگی مشترک بشر بود. به مناسبت رشادت وی، نشانهای لژیون دونور و مدال مقاومت به او اهدا شد.
با این حال همه چیز محفوظ نماند و بیش از ۱۵۰۰۰۰ اثر هنری به دست نازیها غارت شد. در حالی که تنها ۲۳۳/۶۱ اثر بازیابی شد و به فرانسه بازگشت، ۲۱۳۰ اثر بدون صاحب و مطالبه نشده، با برچسب MNR به موزۀ ملی سپرده شد. برخی بر این باورند که این آثار به دست خانوادههای یهودی ربوده شده بوده است. این اشیاء در فهرست اموال خاص باقی مانده و در انتظار بازگشت قانونی به سر میبرند.
